サファイア調査は小休止となり、テスト明けに海で友人たちと遊ぶ瑠璃。そこでキレイな石を見つけたのでナギに聞いてみようとすると偶然通りかかった同じクラスの瀬戸さんからそれはシーグラスだと言われる。ただのゴミだと言われて腑に落ちない瑠璃はナギに相談すると意外にも後輩の伊万里がやる気で･･･石の輝きの裏には数万年単位の物語がある！