32機のサイコ・ザクを宇宙へ上げようとする南洋同盟の阻止に失敗し、スパルタンも撃沈された連邦軍。打ち上げられたサイコ・ザクでジオン共和国にあるソーラレイを奪い、月のアナハイムを殲滅しようとするレヴァン・フウを阻止するために生き残ったスパルタン乗組員で追撃部隊を組織するが･･･本隊とはぐれたダリル、クローディアを殺めてしまったショックで廃人となってしまったイオ、宿命の2人が次に待ち受ける戦場は！？