5thルナの奪還に成功したブラウン率いるケルベロス隊とマイヤー率いるニュータイプ部隊。しかし、連邦軍も再び取り返そうと新兵器・サイコガンダム・エクスペルテンと人工知能ベイブを投入する。強力な攻撃と自己修復する装甲に太刀打ちできずに壊滅状態となり･･･