アナ達MGSの拠点襲撃で多大な犠牲を払った反政府組織・フライハイト。状況を打破するためにMGSを脅威に感じ始めるCIAと呼応してMGSのリーダー・フォン･マイザーの暗殺計画を決行する。一方、MGSにもKGBが接触してきて･･･フォン･マイザーと東独トップの会談時にフライハイトがスカウトした「違う顔」率いる暗殺集団が迫る！