突如各地に現れた本物の亜害体。仁一朗たちは志願して東京に現れた亜害体を撃退すると同時に人類連合が隠していた真実を明るみにする。しかし、そこで人類連合からさらに驚くべき真実も明かされる。サファン殲滅に動き始める各国に対してこれまでも自分たちができることを探してきた仁一朗たちは最後まであがき続ける！