EXAM同士の戦いでイフリート改を撃退したユウ。しかし、ブルーも頭部を破壊されてシステムは修復不能になってしまう。機体の修理と共に束の間の休息をとるユウたちであったがそこにニムバス隊が連邦軍基地を襲撃して2号機強奪の報告が！？残された3号機で2号機を追うユウ、そこにスレイヴ・レイス隊が立ちはだかる！