人類の大半が死滅し、廃墟と化した街で生存者を探す少女・小夜。突如発生した異形・断罪者が放つ瘴気を吸った人間は結晶病に侵されて死に至ってしまう死の世界で小夜は遺体を回収して浄化していく。時に襲い来る断罪者を排除しながら廃墟の街を探索する小夜が目にするものは…！？