第一次ネオ･ジオン戦争で敗走し、地球圏を脱出したネオ･ジオン敗残兵は新たな指導者・シャア総帥が計画する隕石落としのために連邦の5thルナ奪還を命じられる。連邦軍の強固な防衛網に突破口を開くため、ブラウン隊とマイヤー率いるケルベロス隊で反抗の狼煙を上げる！